Làng Thái Hòa, một vùng quê nhỏ cách thủ đô không xa, từ lâu đã nổi tiếng với giếng nước ngọt mát như suối đầu nguồn. Nước giếng trong veo, mát lạnh, là “linh hồn” của những sợi bún trắng mịn, mềm dai, cung cấp cho hàng trăm quán ăn khắp Hà Nội. Mỗi sáng, dân làng tấp nập múc nước, tiếng cười nói rộn ràng quanh miệng giếng. Nhưng ba ngày nay, giếng Thái Hòa bỗng dưng đổi khác. Nước nổi váng đục, bốc lên mùi hôi tanh khó chịu. Dân làng xôn xao, lo lắng. Không ai dám dùng nước để làm bún, hàng quán kêu trời vì thiếu nguyên liệu. Có người đồn rằng giếng bị nguyền rủa, kẻ khác bảo có kẻ xấu cố ý phá hoại.

Ông Ba, trưởng làng, quyết định mời thám tử Hoàng Minh, một người gốc Thái Hòa từng làm việc ở đội điều tra hình sự Hà Nội, về giải quyết vụ việc. Hoàng Minh, với dáng người gầy gò, ánh mắt sắc như dao và bộ óc nhạy bén, trở về làng trong một buổi chiều mưa lất phất. Anh đứng bên miệng giếng, quan sát lớp váng đục nổi lềnh bềnh, ngửi thấy mùi hôi giống như xác động vật thối rữa. “Không đơn giản là ô nhiễm tự nhiên,” Minh lẩm bẩm, lấy một chai nước mẫu mang đi xét nghiệm.

Đêm đó, Minh cùng ông Ba và vài thanh niên trong làng tổ chức canh gác quanh giếng, nghi ngờ có kẻ lén lút đổ chất bẩn. Đến nửa đêm, khi sương mù giăng kín, một bóng người lặng lẽ xuất hiện gần giếng. Minh ra hiệu cho mọi người nấp kín. Bóng người, mặc áo choàng đen, đổ một thứ chất lỏng từ can nhựa xuống giếng, rồi vội vã bỏ đi. Minh lập tức đuổi theo, nhưng kẻ đó nhanh như chớp, mất hút vào màn đêm. Khi trở lại, Minh kiểm tra miệng giếng. Lớp váng dày hơn, mùi hôi nồng nặc hơn. Nhưng điều khiến anh sững sờ là một vật thể lạ nổi lên từ đáy giếng, lấp ló dưới ánh trăng: một chiếc túi nylon lớn, buộc chặt, trương phình.

Dân làng hoảng loạn, gọi thêm người kéo chiếc túi lên. Khi mở ra, họ kinh hoàng phát hiện một xác người đã phân hủy, chỉ còn bộ xương và vài mẩu quần áo rách. Minh nhận ra ngay chiếc nhẫn bạc khắc chữ “H” trên tay bộ xương. “Hà, con gái ông Tâm,” Minh thì thầm. Hà mất tích cách đây hơn một năm, sau khi bỏ nhà đi theo một gã trai thành phố. Cả làng tin cô đã bỏ đi nơi khác sống, nhưng giờ đây, sự thật kinh hoàng nằm ngay trước mắt.

Minh bắt đầu điều tra. Ông Tâm, cha của Hà, từng là người phản đối kịch liệt việc xây dựng một nhà máy chế biến thực phẩm gần làng, lo ngại nhà máy sẽ làm ô nhiễm nguồn nước. Nhà máy thuộc sở hữu của một đại gia tên Long, người có quan hệ rộng ở thủ đô. Minh nghi ngờ Long có liên quan đến cái chết của Hà, nhưng không có bằng chứng. Anh quay lại giếng, lặn xuống đáy để tìm thêm manh mối. Ở đó, anh phát hiện một chiếc hộp sắt bị chôn vùi dưới lớp bùn. Bên trong là một cuốn sổ tay của Hà, ghi lại việc cô phát hiện Long lén đổ chất thải độc hại xuống giếng để ép dân làng bán đất giá rẻ cho nhà máy mở rộng.

Cú twist bất ngờ đến khi Minh mang cuốn sổ đến gặp Long. Long cười khẩy, thừa nhận đã biết về cuốn sổ nhưng không lo lắng, vì chính ông Tâm, cha của Hà, là người đã giúp hắn che giấu tội ác. Hóa ra, ông Tâm, vì món nợ lớn với Long, đã đồng ý im lặng khi Hà bị giết để đổi lấy sự bảo vệ cho gia đình. Long còn tiết lộ rằng chất thải độc hại không chỉ làm ô nhiễm giếng mà còn khiến nước có khả năng che giấu mùi xác chết, khiến không ai nghi ngờ trong suốt một năm qua.

Minh, dù đau lòng, đã giao ông Tâm và Long cho cảnh sát. Giếng Thái Hòa được làm sạch, nhưng dân làng không bao giờ còn nhìn giếng với niềm tự hào như trước. Bí mật dưới đáy giếng không chỉ phơi bày tội ác, mà còn lột trần lòng tham và sự phản bội trong chính ngôi làng yên bình ấy